Une nouvelle opération de vérification des arbres

Lorsque Sierra Gold Nurseries livre un lot de nouveaux arbres, l'entreprise veut être sûre que la variété et le porte-greffe correspondent à l'étiquette. Il en va de même pour chaque crèche.

Les investissements récents dans la technologie de dépistage de l'ADN et les mises à jour des procédures de vérification génétique de l'Université de Californie permettent aux pépinières telles que Sierra Gold de tenir plus facilement cette promesse.

«C'est la seule façon dont nous pouvons fonctionner», a déclaré Reid Robinson, chef de l'exploitation chez Sierra Gold. « Les erreurs sont terribles pour nos clients, et elles sont terribles pour nous. »

Comme de nombreuses pépinières, Sierra Gold de Yuba City, en Californie, a commencé à utiliser des machines de criblage génétique par réaction en chaîne par polymérase, ou PCR, pour vérifier les plantes reçues des sélectionneurs et pour revérifier la tenue des registres dans leur propre laboratoire de culture tissulaire et dans leurs vergers de greffons.

L'entreprise a acheté son appareil PCR conventionnel, qui utilise l'électrophorèse sur gel, en 2017 après avoir reçu d'un laboratoire de confiance une sélection de cerises non commerciale étiquetée à tort comme Chelan, et l'a vendue sans le savoir. En 2020, l’entreprise a acheté un appareil PCR en temps réel. Autrefois réservée aux laboratoires de recherche bien nantis, la technologie en temps réel exécute 96 tests avec plus de précision dans le même laps de temps que la version précédente en exécutait 16.

« Vous obtenez beaucoup plus de données et des données beaucoup plus fiables », a déclaré Micah Stevens, directeur du laboratoire de recherche chez Sierra Gold.

Pendant ce temps, le système à l’extérieur des murs de la crèche a changé.

Cette année, Foundation Plant Services de l'Université de Californie à Davis a commencé à demander aux clients, tels que les sélectionneurs, les pépinières, d'autres universités et, parfois, les producteurs, qui apportent du matériel au laboratoire, de soumettre également un échantillon de tissu préalablement vérifié – un « bon ». " – pour les comparaisons ADN, a déclaré Maher Al Rwahnih, directeur de la fondation. Les techniciens propageront ensuite la plante, la feront pousser et la compareront au coupon. Si cela correspond, ils continueront à faire pousser les arbres pendant au moins deux ans, pour tester les virus, puis ils analyseront à nouveau l'ADN.

Auparavant, la fondation ne testait qu'à la fin du processus, parfois après que les clients avec lesquels elle travaille avaient déjà effectué des versions provisoires.

En 2019, la fondation a détecté une erreur, grâce à un échantillonnage d'ADN back-end, révélant que certains porte-greffes de cerisier Gisela 5 étaient en réalité Gisela 6, une option moins nanifiante, après que le matériel ait été provisoirement remis au client. À ce moment-là, il avait atteint les plantations commerciales. Si la fondation avait utilisé le nouveau protocole, l'erreur aurait été détectée plus tôt, a déclaré Al Rwahnih.

De telles erreurs sont rares, a déclaré Al Rwahnih, mais elles peuvent se produire.

Le problème est devenu plus urgent avec le déploiement de nouvelles variétés et l’augmentation de la demande de tests de pommes, de poires et de fruits à noyau.

« Nous devons tous travailler ensemble pour éviter les erreurs », a déclaré Al Rwahnih.

Les clients viennent principalement à la fondation pour des tests antivirus, mais ils bénéficient d'une vérification fidèle au type dans le cadre du package. Les deux font partie de son mandat dans le cadre du programme d'enregistrement et de certification des arbres fruitiers et à noix à feuilles caduques du Département de l'Agriculture de Californie. Le laboratoire facture 355 $ par échantillon pour le service pour les arbres fruitiers et la vigne.

C'est différent du Clean Plant Center Northwest, situé dans les installations de l'Université de l'État de Washington à Prosser, qui a uniquement pour mandat de dépister les maladies. En fait, le contrat du laboratoire Prosser avec le National Clean Plant Network du Département américain de l'Agriculture interdit expressément les autres tests : « Le réseau reconnaît l'importance de maintenir et de vérifier l'identité clonale des plantes, y compris la fidélité au type ; cependant, les travaux d’empreintes génétiques et de fidélité au type pourraient ne pas être pris en charge par ce financement.

Dans le passé, le centre Prosser a reçu des fonds de l'État pour génotyper des vignes et a utilisé le FPS de Californie pour remplir ce rôle, a déclaré Scott Harper, directeur du centre. Le laboratoire a également aidé les entreprises qui demandent des services de génotype à trouver un laboratoire privé.